Le precipitazioni acide non rappresentano un pericolo diretto per la salute umana. Il passeggiare sotto una pioggia acida o anche il nuotare in un lago acidificato non è più pericoloso di quanto possa essere farlo in acqua normale.
Invece possono insorgere dei danni alla salute nel caso in cui ci si nutra di alimenti provenienti da acque acide, per esempio pesci che abbiano accumulato nel loro corpo grandi quantità di metalli tossici (alluminio, manganese, zinco, mercurio, cadmio) liberati dai suoli e dilavati nelle acque per effetto dell’acidificazione.

In ogni caso, i danni più gravi sono provocati dagli inquinanti che causano le piogge acide (il biossido di zolfo e gli ossidi d’azoto). Questi gas interagiscono nell’atmosfera formando delle particelle di solfati e nitrati che possono essere trasportate anche a grande distanza dai venti; queste particelle possono poi essere inspirate e così penetrare in profondità nei polmoni.

Le particelle più fini possono anche penetrare all’interno degli edifici e contribuire in questo modo al peggioramento della qualità dell’aria negli ambienti confinati (indoor air quality). Molti studi scientifici hanno individuato una relazione tra gli elevati livelli di particelle fini presenti nell’aria ed un aumento delle patologie a carico del sistema circolatorio e respiratorio (soprattutto asma e bronchiti).

Le emissioni di ossidi d’azoto costituiscono un serio problema per la salute anche perché sono in grado di reagire con i composti organici volatili causando la formazione dell’ozono (un composto la cui presenza è associata all’aumento di patologie come l’asma e l’enfisema) e di altri inquinanti secondari.